Vers 1454 Diego Garcia De Herrera, seigneur de Lanzarote (Canaries) aborde les côtes du Maroc et fait construire une forteresse qu'il dénomme Santa Cruz de Mar Pequena (Sainte Croix de La Petite Mer) pour protèger les Canariens des pirates et instaurer un comptoir ommercial de pêcherie.
En 1524 le fort est détruit par la population locale, mais les espagnols n'eurent de cesser de conclure un accord avec les sultans marocains pour se créer des droits dans la région d'Ifni.Trois traités furent nécessaires pour que le Maroc concède à perpètuité à l'Espagne le territoire de "Santa Cruz" (1767 à Marrakech, 1799 à Meknès et 1860 à Tétouan).
Le traité de Tétouan servira de base à deux traités franco-espagnols (en 1904 et 1912) pour délimiter les frontières de l'enclave, âprement discutées, en particulier sur la localisation réelle de Santa cruz, mais ne correspondant pas au territoire des Aït-Ba Amrane qui vivent autour d'Ifni.
L'occupation espagnole est effective le 6 Avril 1934 avec l'arrivée du colonel Capaz; sous l'autorité d'un gouverneur général, l'ensemble des habitants est considéré comme étant de citoyenneté espagnole.Un port artificiel avec téléphérique est créé, ravitaillé par les canaries.
les espagnols impriment des timbres, construisent de nombreux bâtiments officiels qui font partie maintenant du patrimoine de la ville. Le territoire, qui devient province espagnole en 1960, reste cependant économiquement faible en dehors des ressources de la pêche.
A partir de 1957, les incidents militaires se multiplient avec l'Armée de Libération qui harcèle les espagnols et réduit les frontières de l'enclave.Mohamed V, puis Hassan II réclament à Franco la restitution de tous les territoires sous domination espagnole, dont Ifni.
les négociations, de 1963 à 1968, aboutissent à un accord de rétrocession de souveraineté signé à Fès le 4 janvier 1969 en même temps qu'un traité sur le droit de pêche entre l'Espagne et le Maroc.
les citoyens d'Ifni ont trois mois pour choisir leur nationalité et le Maroc s'engage à faire fonctionner le phare et à conserver à l'Espagne plusieurs bâtiments dont le consulat et l'église. Le transfert a eu lieu le 30 Juin 1969 (jour de l'indépendance de sidi ifni et les régions d'Ait-Ba Amrane) .